L'estinzione è il destino della gran parte delle specie, generalmente a causa della loro incapacità di adattarsi abbastanza rapidamente ai cambiamenti climatici o alla competizione. L'evoluzione darwiniana esclude che un animale possa sviluppare attivamente una struttura dannosa, ma non può garantire che strutture utili continuino ad essere vantaggiose in circostanze ambientali mutate.

La struttura dannosa può anche essere sviluppata, ma prima ancora che diventi dannosa si autoeliminerebbe nei singoli individui prima di dare vita a una specie; la speciazione è la sopravvivenza di elementi favorevoli all'adattamento che poi pian piano portano alla diversificazione delle specie, e alla ovvia eliminazione della specie non adattatasi. La teoria dell'evoluzione non dice che vince la specie che si adatta meglio, dice che questa sopravvive; è diverso, è un'evoluzione passiva, non attiva. Non è la specie che si adatta, sono le altre che vengono falciate dai cambiamenti ambientali. Darwin non ha mai detto che la evoluzione è l'adattamento di una specie al cambiamento, è una falsa credenza: Darwin ha detto che questa specie per puro caso si trova avvantaggiata rispetto ad altre.